Die sozial engagierte Gräfin Viktorine von Butler-Haimhausen eröffnete 1861 in Haimhausen ein „Armen-Mädchenhaus”. Diese Institution war aber nur der Ausgangspunkt für ein größeres Vorhaben.  
Gründung der Schönbrunner Schule
Der Erste Weltkrieg
Das Haus St. Bonifazius wird gebaut
Während des Nationalsozialismus durchlebte man in Schönbrunn eine furchtbare Zeit, als in den Jahren 1940 bis 1945 einige hundert Bewohner/innen, überwiegend Kinder und Jugendliche, als "lebensunwert", einer grauenhaften Ideologie zum Opfer fielen. Auf Anordnung des NS-Regimes wurden sie nach Haar verlegt und in Bussen abtransportiert.  
Der Wandel in der Personalsituation
Ein Jubiläumsjahr und der Beginn einer Neustrukturierung der gesamten Anstalt
Das Franziskuswerk entsteht
Kauf des Schloßgutes
1862 kaufte die Gräfin das stark renovierungsbedürftige Schloßgut Schönbrunn. Sie wollte ein Zuhause für Menschen mit geistiger Behinderung schaffen und jungen Frauen und Mädchen aus armen Verhältnissen Erziehung und Ausbildung ermöglichen. Im August 1863 nahm die Gräfin zusammen mit 5 Frauen einer Schwesterngemeinschaft aus München die Arbeit in Schönbrunn auf.
Gründung der franziskanischen Ordensgemeinschaft
Erweiterung der Infrastruktur
   
Die Nachkriegszeit
Gründung von "Beschäftigungs-
gruppen"
Es entstehen verschiedene Einrichtungen für behinderte Menschen sowie die Akademie Schönbrunn
 
 
Das Franziskuswerk Schönbrunn wird eine gemeinnützige GmbH
Eröffnung des Seniorenzentrums
Eröffnung der Frühförderstelle
Einweihung der Edith Stein Förderstätte
Die Trägerschaft von zwei Kindergärten wird übernommen
Einweihung des Heilpädagogischen Kinderhauses
Trägerschaft des Kindergartens St. Laurentius in Petershausen wird übernommen
Eröffnung der Altenhilfe im Haus St. Korbinian
Eröffnung des Wohnhauses
für Menschen
mit Autismus
Einweihung des Anbaus der Förderstätte mit
75 neuen Plätzen

Jubiläumsjahr:
100 Jahre Kongregation
150 Jahre Behindertenhilfe
Ausbau der Infrastruktur, der Wasserversorgung und der Straßen. Erweiterung des Elektrizitätswerkes, Neubau der Kirche und drei weiterer Wohngebäude (Häuser St. Vinzenz, St. Maria und St. Isidor). 1936 leben 1.205 Betreute in Schönbrunn.  
1997 erhält das Franziskuswerk Schönbrunn eine eigene Rechtsform als gemeinnützige GmbH. Zweck der Gesellschaft ist laut Satzung, die "Eingliederung, Pflege, Erziehung, Arbeit und Beschäftigung, Förderung, Betreuung und Entfaltung von Menschen mit Behinderung".
1864 wird in Schönbrunn eine Schule gegründet. Einige Jahre später werden alle lernfähigen "Pfleglinge" in den Elementarfächern der Volksschule unterrichtet. In die Schönbrunner Schule gehen auch auswärtige Kinder.  
Gründung einer franziskanischen Ordensgemeinschaft nach bischöflichem Recht (Kongregation der Dienerinnen der göttlichen Vorsehung).  
Die große Landwirtschaft, die zur damaligen "Anstalt Schönbrunn" gehörte, sichert in Zeiten des Krieges das Überleben der Bewohner/innen und Schwestern.  
1920 wird Haus St. Bonifaz gebaut, um die Wohnsituation der betreuten Menschen zu verbessern. Inzwischen werden 475 Menschen in Schönbrunn betreut. Die Schwestern leben seit der Gründung mit den betreuten Menschen nach dem Familienprinzip in verschiedenen Wohngruppen zusammen. 
Die Nachkriegszeit war geprägt vom wirtschaftlichen Wiederaufbau, insbesondere in der Landwirtschaft. Die Betreuung bekam bis weit in die 60ziger Jahre den Schwerpunkt Pflege. 1960 leben 1.388 betreute Menschen und 373 Schwestern in Schönbrunn.
Durch die zunehmend rückläufige Schwesternzahl wird es notwendig weltliches Personal einzustellen. Ab 1972 werden Frauen aus der Umgebung zur Mitarbeit in den Wohngruppen eingestellt, ab 1980 auch Fachkräfte wie Heilerziehungspfleger/innen und Erzieher/innen, die seit 1986 gezielt eingestellt werden. 30 Schwestern absolvieren zwischen 1970 und 1980 die Ausbildung in Heilerziehungspflege in Attl.  
Das Jubiläumsjahr "125 Anstalt Schönbrunn und 75 Jahre Franziskanerinnen von Schönbrunn" ist gleichzeitig Beginn einer Neustrukturierung der gesamten Anstalt und der Anfang eines langjährigen Prozesses mit dem Ziel, die Hilfe für Menschen mit Behinderung in Schönbrunn zu differenzieren und zu spezialisieren  
1992 hat die Kongregationsleitung der Franziskanerinnen von Schönbrunn einen Organisationsentwicklungsprozeß eingeleitet, in dessen Verlauf Schönbrunn mit verschiedenen Einrichtungen der Behindertenhilfe und einer weltlichen Geschäftsführung entstand. 
Bau der Johannes-Neuhäusler-Schule und der Wohnhäuser für Kinder und Jugendliche. Ab 1980 verändert sich der zu betreuende Personenkreis gerade bei Kindern zunehmend zu schwer mehrfachbehinderten Menschen. 
1979 werden die sogenannten "Beschäftigungsgruppen" für schwerbehinderte Menschen gegründet. Es ist ein Alternativangebot zu dem traditionellen Beschäftigungsangebot in den Schönbrunner Handwerks- und Dienstleistungsbetrieben. 
Aus dem Gesamtsystem "Anstalt" gliedern sich nach und nach einzelne Einrichtungen für behinderte Menschen heraus. Es entstehen verschiedene Wohnbereiche, der Kinder und Jugendbereich mit Schule, Heilpädagogischer Tagesstätte und einem Integrationskindergarten, sowie eine Werkstatt für behinderte Menschen und eine Förderstätte.  
Gründung der Akademie Schönbrunn und der Fachschulen für die Aus- und Weiterbildung der Mitarbeiter/innen in der Behindertenhilfe. Die damalige Anstalt Schönbrunn entwickelte sich zu einer der größten Einrichtungen für Menschen mit geistiger und mehrfacher Behinderung in Bayern.
Das Seniorenzentrum bietet den nicht mehr berufstätigen Senioren ein Freizeit- Bildungs- und Kulturprogramm in Schönbrunn 
Mit der Frühförderstelle schafft das Franziskuswerk eine offene Anlaufstelle für alle Eltern, die Fragen zur Entwicklung ihres Kindes im Säuglings-, Kleinkind- oder Kindergartenalter haben. 
In Form von Einzel- oder Gruppenarbeit wird dem Menschen mit Behinderung in der Förderstätte eine ganzheitliche Förderung zuteil. 
Das Franziskuswerk übernimmt die Trägerschaft des Burgkindergarten in Röhrmoos und des St. Vinzenz Kindergartens in Markt Indersdorf 
Das heilpädagogische Kinderhaus in Schönbrunn ist ein Zentrum der Förderung und Betreuung für behinderte wie nicht behinderte Kinder. Die Eltern der Kinder finden dort Beratung und Unterstützung. 
Mit der Altenhilfe im Haus St. Korbinian bietet das Franziskuswerk Schönbrunn Begleitung älterer und pflegebedürftiger Menschen mit und ohne Behinderung in Schönbrunn.